تناولت يد الإصلاح هذا الجامع كما امتدت إليه يد التدمير والخراب فى فترات من عصوره المختلفة شأنه فى ذلك شأن كثير من المساجد الأثرية الأخرى.
ففى سنة 470 هجرية الموافق 1077/ 78م قام بدر الجمالى وزير الخليفة المستنصر الفاطمى ببعض إصلاحات بالجامع أثبتت على لوح رخامى مركب أعلى أحد أبواب الوجهة البحرية وأمر الخليفة المستنصر بعمل محراب من الجص بأحد أكتاف رواق القبلة بلغت فيه صناعة الزخرفة الجصية حد الدقة والإتقان ذلك عدا محرابين جصيين آخرين عمل أحدهما فى العصر الطولونى والثانى فى العصر الفاطمى وكلاهما برواق القبلة أيضا إلا أن أهم إصلاح أدخل على الجامع هو ذلك الذى قام به السلطان حسام الدين لاجين سنة 696 هجرية الموافق 1296/ 97م فقد أنشأ.
1 - القبة المقامة وسط الصحن والتى حلت محل القبة التى شيدها الخليفة الفاطمى العزيز بالله سنة 385 هجرية الموافق 995م بدلا من القبة الأصلية التى احترقت سنة 376 هجرية الموافق 986م.
2 -المئذنة الحالية ذات السلم الخارجى.
3 - المنبر الخشبى.
4 - كسوة الفسيفساء والرخام للمحراب الكبير.
5 - قاعدة القبة التى تعلو هذا المحراب.
6 - كثيرا من الشبابيك الجصية.
7 - محرابا من الجص مشابها للمحراب المستنصرى بالكتف المجاورة له.
8 - سبيلا بالزيادة القبلية جدده قايتباى فيما بعد وأصلحته إدارة حفظ الآثار العربية أخيرا.
وفى أواخر القرن الثانى عشر الهجرى - الثامن عشر الميلادى - استعمل هذا الجامع مصنعا للأحزمة الصوفية كما استعمل فى منتصف القرن الماضى ملجأ للعجزة.
وما كادت تنشأ لجنة حفظ الآثار العربية سنة 1882م حتى شرعت فى انتشاله من وهدته وأخذت فى ترميمه وإصلاحه إلى أن كانت سنة 1918م حين أمر المغفور له الملك فؤاد الأول بإعداد مشروع لإصلاحه إصلاحا شاملا وتخلية ما حوله من الأبنية ورصد لذلك أربعون ألف جنيه أنفقت فى تقويم ما تداعى من بنائه وتجديد أسقفه وترميم بياضه وزخارفه.
يتكون هذا الجامع من صحن مكشوف مربع تقريبا طول ضلعه 92 مترا تتوسطه قبة محمولة على رقبة مثمنة ترتكز على قاعدة مربعة بها أربع فتحات معقودة وبوسطها حوض للوضوء ويسترعى النظر فيها وجود سلم داخل سمك حائطها البحرية يصعد منه إلى منسوب الرقبة.
ويحيط بالصحن أربعة أروقة أكبرها رواق القبلة ويشتمل على خمسة صفوف من العقود المدببة المحمولة على أكتاف مستطيلة القطاع استديرت أركانها على شكل أعمدة ملتصقة ويشمل كل من الأروقة الثلاثة الأخرى على صفين فقط.
ويغطى الأروقة الأربعة سقف من الخشب حديث الصنع عمل على نمط السقف القديم وبأسفلة ركب الإزار الخشب القديم المكتوب عليه من سور القرآن الكريم بالخط الكوفى المكبر.