وتغيّر الحال في عهد الأيوبيين، فمنع صلاح الدين الخطبة من الجامع وقطع عنه كثيراً مما أوقفه عليه الحاكم. وانقضى نحو قرن من الزمان قبل أن يستعيد الجامع الأزهر عطف الولاة ووجوه البلاد عليه، ولما جاء الملك الظاهر بيبرس زاد في بنائه وشجّع التعليم فيه وأعاد الخطبة إليه في عام 665هـ = 1266-1267م.
وحذا حذوه كثير من الأمراء. ومنذ ذلك العهد ذاع صيت المسجد وأصبح معهداً علمياً يؤمه الناس من كل فجّ، ولقي الأزهر من عناية البلاد الشيء الكثير. وزاد في مجده أن غزوات المغول في المشرق قضت على معاهد العلم هناك، وأن الإسلام أصابه في المغرب من التفكك والانحلال ما أدى إلى دمار مدارسه الزاهرة. وفي عام 702هـ (1302-1303م) خرّب زلزال المسجد، فتولّى عمارته الأمير سهاد ثم جددت عمارة الجامع في عام 725هـ (1325م) على يد محتسب القاهرة محمد بن حسن الأسعردي (من سعرد في إرمينيه). وحوالى ذلك العهد بنى الأميران طيبرس وأقبغا عبد الواحد مدارس بالقرب من الأزهر، إذ بنى طيبرس المدرسة الطيبرسنية عام 709هـ (1309-1310م) وبنى أقبغا عبد الواحد المدرسة الأقبغاوية عام 740هـ (1340م) وقد ألحقت هاتان المدرستان بالأزهر فيما بعد. وقد جدّد الطواشي بشير الجامدار الناصري بناء المسجد وزاد فيه حوالى عام 761هـ (1360م) ورتب فيه مصحفاً، وجعل له قارئاً، ورتّب للفقراء طعاماً يطبخ كل يوم، ورتّب فيه درساً للفقهاء من الحنفية، وجدد عمارة مطبخ الفقراء. وقد سقطت منارة الجامع عام 800هـ (1397-1398م) فشيّدها في الحال السلطان برقوق وأنفق عليها من ماله. وسقطت المنارة مرتين بعد ذلك (817هـ-1414م-1415 و827هـ -1423-1424م) وكان يُعاد إصلاحها في كلّ مرّة. وحوالى ذلك العهد أنشأ السلطان برقوق صهريجاً للماء وشيّد سبيلاً وأقام ميضأة. وشيّد الطواشي جوهر القنطبائي المتوفي عام 844هـ (1440-1440م) مدرسة بالقرب من المسجد، وكان قايتباي أكثر الناس رعاية للجامع الأزهر في القرن التاسع الهجري، فقد أكمل ما زاده في بناء المسجد عام 900هـ (1494-1495م) أي قبل وفاته بوقت قصير. وكان له الفضل كذلك في إقامة منشات للفقراء والعلماء. وقد أثبتت النقوش بيان ما زاده في المسجد ويذكر ابن إياس (ج2، ص167، ص22 وما بعدها) أنه كان لهذا الوالي عادة غريبة، فقد اعتاد الذهاب إلى الجامع الأزهر متخفيّاً في زي مغربي ليصلّي وليسمع ما يقوله الناس عنه، على أن ابن إياس لم يذكر لنا النتيجة التي أفضى إليها هذا العمل، وبنى قانصوه الغوري اخر المماليك (906-922هـ ـ 1500-1516م) المئذنة ذات البرجين.
وفي العهد العثماني كان الفاتح سليم شاه كثيراً ما يزوره ويصلّي فيه، وقد أمر بتلاوة القران فيه وتصدّق على الفقراء المجاورين طلبة العلم الشرعي (تاريخ ابن إياس، ج3، ص116، و132 و246 و309 و313). وتجدر بنا الإشارة إلى الزاوية التي أقيمت ليصلّي فيها المكفوفون وسمّيت بزاوية العميان، فقد بناها عثمان كتخدا القزدوغلي (قاصد أوغلي) في عام 1148هـ (1735-1736م). ويظهر أنّ عبد الرحمن كتخدا المتوفي (عام 1190هـ-1776م) كان من أقارب عثمان القزدوغلي، وكان عبد الرحمن من أكثر الناس إحساناً إلى الأزهر. فقد بنى مقصورة وأحسن تأثيثها، وأقام قبلة للصلاة، ومنبراً للخطابة، وأنشأ مدرسةً لتعليم الأيتام، وعمل صهريجاً للمياه، وشيّد له قبراً دفن فيه، ووسط المباني الجديدة بين المدرسة الطيبرسية والمدرسة الأقبغاوية (التي حرف اسمها إلى الإبتغاوية فيما بعد).
ولم تكن النهضة في عهد محمد علي تعطف على الأزهر أوّل الأمر ولكن الخديويين في العهد الأخير بذلوا جهدهم للإبقاء على ما لهذا الجامع من مجد وصيت.