بستان الوضوء
وعند افتتاح المسجد كانت مساحته حوالي 675 مترًا, وله ستة أبواب.. بابان تجاه دار عمرو بن العاص من الجهة الشرقية, وبابان من الشمال، وبابان من الغرب, وكان سقفه منخفضًا ومكونًا من الجريد والطين، محمولاً على ساريات من جذوع النخل, كما كانت الحوائط من الآجر والطوب اللبن وغير مطلية, ولم يكن به صحن، وكانت أرضه مفروشة بالحصباء, وبه بئر يعرف بالبستان استخدمه المصلون وقتها للوضوء .
حرائق وإصلاحات
وقد تعرض المسجد للعديد من عمليات الترميم والتجديد, حيث لم يبق من البناء القديم سوى موقعه فقط, فقد مرت عليه أحداث جسام أثرت على معالمه وأدت إلى انهيار أجزاء منه, ومن أهم هذه الأحداث الحريق الأول في 9 صفر 275هـ, حين اشتعلت النيران في نهاية المسجد, وكذلك الحريق الثاني عام 564هـ أثناء حريق الفسطاط بسبب نزاع شاور وضرغام, وأيضًا الزلزال المدمر الأول عام 702هـ, والزلزال المدمر الثاني الذي هزّ مصر 15 ربيع الثاني عام 1992م، وعلى أثره تولت هيئة الآثار القيام بأعمال الترميم.
وفي 24 مارس 1996م شهد المسجد انهيار 150 مترًا من سقف الجامع في الجزء الجنوبي الشرقي برواق القبلة, وشمل الانهيار ثلاثة عقود في أقدم منطقة بالمسجد بعد سقوط أحد الأعمدة، وكان قد تعرض للعديد من عمليات الترميم والتجديد ترجع إلى العصر العثماني, وقد قام الدكتور عبد الحليم نور الدين على الفور بزيارة الموقع، وتشكيل لجنة فنية للتعرف على أسباب الانهيار .
وخلال ذلك أمر الرئيس مبارك بفك إيوان القبلة وإعادة تركيبه في 1997م, بعدما علم من الدكتور عبد الرحيم شحاتة محافظ القاهرة حالة المسجد السيئة, وتم هذا مع الإصلاحات والتجديدات الأخرى التي تمت في بقية إيوانات المسجد والطريق المحيط به, ونفذت بتكلفة قدرها 15 مليون جنيه، وانتهى العمل بها في أكتوبر 2002م .