وكان الشيخ محمد سعيد عبدالبر، القيادى بالجماعة، قدم استقالة قبل استقالة أبوخليل بـ20 يوماً، بسبب «انفصال الجماعة عن النسيج الوطنى» و«انتشار الفكر الوهابى والقطبى بين القيادات ورفضها للنقد الداخلى». كما أن الجماعة تسارع لدعم العسكر وتحرص على إيقاف الحالة الثورية «واتهم الجماعة بأنها تقسو على الأفراد وتشهر فى وجوههم سيف السمع والطاعة» داعياً «لتأسيس جماعة أخرى».
واستشهد عبدالبر فى استقالته بما جرى مع الدكتور إبراهيم الزعفرانى عندما قدم مذكرة تحمل 30 تحفظا على الانتخابات الداخلية لمجلس شورى الإخوان، ولكن أحدا لم يلتفت إلى هذه التحفظات، بالإضافة إلى حالة التخبط فى التصريحات التى كان منها نفى الجماعة أن يكون هناك أى تنسيق بين الأمن والإخوان فى انتخابات 2005، وهو ما كذبه المرشد العام السابق الذى أكد أنه كان هناك تنسيق بين الجانبين. وأورد عبدالبر فى استقالته، وجود مخالفات مالية بحق قيادات الإخوان». ونشر بالفعل أن هناك انحرافات مالية فى نادى أعضاء هيئة التدريس بجامعة القاهرة منسوبة لرئيس النادى، وهو من الإخوان، وأحيل الموضوع للدكتور فتحى لاشين للتحقيق الداخلى فيه، وكتب الدكتور تقريراً ذكر فيه ما يراه من الحق فى المسألة، وتم إخفاء هذا التقرير بل معاقبة من أعلن عن هذه الوقائع وهو فرد من الإخوان فى قطاع وسط الجيزة وأستاذ فى الاقتصاد، ورغم نشر الموضوع إعلاميا ومعرفة الرأى العام به إلا أن القيادة لم تحرك ساكنا فى الكشف عن وجه الحق فيه داخلياً ولا إعلامياً، ونشر بالفعل أن هناك إشكالاً مالياً يتعلق بملكية مدرسة بالإسكندرية ونسب لأحد أعضاء مكتب الإرشاد التورط فيه، وأنه يرفض الإقرار للجماعة بملكية المدرسة مساوما على معاش لا يستحقه له ولأفراد أسرته، ولم تحرك الجماعة ساكنا فى الرد على هذا.